Apesar de possuir menor capacidade de seqüenciamento do que o MiSeq, o Ion PGM é um sequenciador de ácidos nucléicos que também permite diversas aplicações, como sequenciamento de RNAs alvo, seqüenciamento de regiões de DNA alvo, sequenciamento de genomas de pequeno tamanho, dentre outras. O equipamento também disponibiliza tecnologia de seqüenciamento por síntese, porém a leitura das incorporações de bases ocorre pela medição da descarga de prótons liberada quando do processo de incorporação das bases. O processo ocorre dentro de microreatores incorporados em chips comercializados pela ThermoFisher, onde ocorrem as leituras.

 A empresa comercializa chips que alcançam até 2 Gbases de capacidade de seqüenciamento, distribuídas em até 5.5 milhões de leituras. Os dispositivos permitem sequenciamento de até 400 pb de apenas uma das extremidades dos fragmentos de DNA. Há possibilidade de multiplexagem de amostras em uma única corrida, as quais podem durar de 2 a 7 horas.