O seqüenciador MiSeq é uma plataforma de experimentação com diversas aplicações, em especial sequenciamento de genomas pequenos, amplicons, metagenomica, cDNA, dentre outros. A tecnologia principal consiste na amplificação da molécula de DNA em fase sólida (microcélulas) e posterior sequenciamento por fotodigitalização de cada processo de incorporação de bases ao longo da síntese das moléculas de DNA. 

A capacidade total de seqüenciamento de DNA do equipamento é de 15 Gb, distribuídas em até 25 milhões de reads que representam seqüências de até 300 pb de apenas uma ou ambas as extremidades dos fragmentos de DNA. Os kits de preparação de amostras comercializados possibilitam multiplexagem de diversas amostras por seqüenciamento.