O seqüenciador NextSeq 1000 é uma plataforma de experimentação com diversas aplicações, classificada como um sequenciador de média capacidade de geraçao de dados. Tem ampla aplicaçao em experimentos de sequenciamento de  genomas, exomas, metagenomica, transcritomica, dentre outros. A média capacidade de geraçao de dados não permite números altos de sequenciamento de amostras de organismos complexos em paralelo. O equipamento possui melhor performance de multiplexação de amostras de organismos de menor complexidade. A tecnologia principal consiste na amplificação da molécula de DNA em fase sólida (microcélulas) e posterior sequenciamento por fotodigitalização de cada processo de incorporação de bases ao longo da síntese das moléculas de DNA. 

A capacidade total de seqüenciamento de DNA do equipamento é de 120 Gb, distribuídas em até 400 milhões de reads que representam seqüências de até 300 pb de apenas uma ou ambas as extremidades dos fragmentos de DNA.