Em cumprimento ao Regimento Geral do PROFBIO, artigo 27º , os mestrandos do PROFBIO deverão submeter-se ao exame de qualificação, realizado em quatro etapas. Três, dessas quatro, dar-se-ão através de provas unificadas aplicadas ao final de cada um dos três primeiros semestres do curso, em nível nacional, versando, respectivamente, sobre os tópicos das disciplinas “Da construção do conhecimento científico ao ensino de Biologia – Temas 1, 2 e 3,” separadamente. Em geral, as provas ocorrem no último domingo de janeiro ou julho, no período da tarde, simultaneamente em todos as associadas com turmas do PROFBIO. As provas são constituídas de questões de múltipla escolha (cerca de 20) e uma questão discursiva, normalmente versando sobre a aplicação de atividades vinculadas à disciplina cursada e aspectos investigativos na atividade pedagógica. As questões de múltipla escolha, majoritariamente, versam sobre o entendimento de conceitos básicos e habilidades de interpretação de textos, gráficos e dados biológicos, relacionados com o conteúdo tratado na disciplina correspondente. A segunda oportunidade de cada etapa ocorre em torno de 3 meses após a primeira prova sobre cada disciplina. Já a quarta etapa, consiste na apresentação do projeto de Trabalho de Conclusão de Mestrado (TCM), com resultados parciais, ao final do segundo semestre do curso.